В июне 1841 года на воду с Николаевской верви был спущен корабль «Двенадцать апостолов». Трехпалубный линейный корабль I ранга, оснащенный 120 орудиями и вмещавший экипаж численностью в тысячу человек, «Двенадцать апостолов» вошел в состав Черноморского флота и являлся одним из наиболее совершенных военных парусных судов своего времени. Парусник, который Айвазовский неоднократно наблюдал на морских рейдах, занимает особое место в биографии художника и его связях с российским военным флотом. «Двенадцать апостолов» находился во главе эскадры, пришедшей в Феодосию чествовать Айвазовского в день 10-летия его творчества. Командовал кораблем друг художника, капитан 1-го ранга В.А. Корнилов. После начала Крымской войны «Двенадцать апостолов» принимал участие в обороне Севастополя и был затоплен в Севастопольской бухте вместе с другими кораблями Черноморского флота, чтобы преградить неприятелю вход на рейд. После войны судно пытались поднять с морского дна, однако сделать это не удалось. Айвазовский неоднократно изображал корабль на своих полотнах. В картине «Корабль Двенадцать апостолов», написанной им на закате жизни, художник создал парадный портрет флагманского судна Черноморского флота, гордо идущего по неспокойным морским волнам.

В 1852 году, незадолго до начала Крымской войны, император Николай I провел инспекцию Севастополя и всего Черноморского флота. Айвазовский изобразил момент, когда фрегат «Владимир» с развевающимся императорским штандартом входит в Севастопольскую бухту. Фрегат встречают выстроившиеся на рейде корабли Черноморского флота. По левую сторону от «Владимира» можно разглядеть Константиновскую батарею. На противоположном берегу находятся Александровская батарея и Центральный холм Севастополя. Вся сцена окутана клубами дыма от залпов салютующих корабельных пушек Черноморского флота и береговых батарейных орудий. Императорский фрегат, неторопливо входящий в Севастопольскую бухту, оставляет за собой ровный след на зеркальной водной глади.

Утром 5 (17) октября 1854 года, в первый день бомбардировки Севастополя силами союзников, на Малаховом кургане при осмотре позиций был смертельно ранен вице-адмирал В.А. Корнилов. По приказу П.С. Нахимова, принявшего на себя руководство обороной Севастополя, на месте гибели Корнилова защитниками города был сложен крест из пушечных ядер. Айвазовский изобразил мемориальный крест на картине «Малахов курган», написанной почти сорок лет спустя после гибели адмирала. У креста почтительно склонились два убеленных сединами героя, участника событий Крымской войны и обороны Севастополя. За их спинами открывается вид на панораму мирно живущего города и суда, стоящие в Южной бухте. Надпись художника на обороте картины гласит: «Место, где смертельно был ранен Корнилов».

На картине «Осада Севастополя» Айвазовский изобразил панораму города, открывающуюся с северной стороны Севастопольской бухты. На входе в бухту можно различить Константиновскую и Александровскую батареи; на южной стороне бухты видны крупные городские дома и крепостные укрепления. Многочисленные детали свидетельствуют о том, что город ведет активные военные действия. На переднем плане картины, изображающем северный берег, русские воины ведут под конвоем группу плененных французских солдат. Севастополь окутан клубами дыма от вражеских бомбардировок. Перед входом в Севастопольскую бухту виднеются выстроившиеся в линию неприятельские суда. Между Константиновской и Александровской батареями художник также изобразил торчащие из воды мачты затопленных в сентябре 1854 года кораблей Черноморского флота.

Экспедицию 1839 года Айвазовский начал на пароходе «Колхида» в компании Н.Н. Раевского, однако впоследствии перешел на парусный корабль «Силистрия». Командовал «Силистрией» капитан I ранга П.С. Нахимов, будущий герой Крымской войны и обороны Севастополя.
Портрет работы неизвестного художника представляет собой профильное изображение Нахимова с адмиральскими золотыми эполетами.

В сентябре 1854 года, после высадки в Крыму англо-франко-турецких войск и поражения русской армии в битве при Альме, положение Севастополя стало очень тяжелым. Чтобы предотвратить прорыв вражеского флота на севастопольский рейд, командование приняло решение затопить на входе в бухту часть парусных кораблей Черноморского флота. 11 (23 сентября) 1854 года между Константиновской и Александровской батареями были затоплены семь судов (пять линейных кораблей и два фрегата). Среди них был и линейный корабль «Силистрия», на котором Айвазовский плавал во время десантных операций Черноморского флота в 1839 году. С кораблей были сняты орудия и пороховые запасы, а экипажи влились в число защитников Севастополя. В феврале 1855 года между Николаевской и Михайловской батареями были затоплены еще шесть судов, в том числе «Двенадцать апостолов». В августе 1855 года, перед оставлением русскими войсками Севастополя, в Севастопольской бухте были затоплены оставшиеся корабли Черноморского флота.

И.К. Айвазовского по праву можно назвать певцом побед российского парусного флота. В своем творчестве художник увековечил как современные ему события Крымской войны и русско-турецкой войны 1877-1878 гг., так и исторические морские сражения, которые Россия одерживала в XVIII и XIX веках. Интерес Айвазовского к морской и военной тематике ярко проявил себя еще в детстве. Белёные стены своего дома в Феодосии он украшал рисунками солдат и парусников, а на листах бумаги копировал военные гравюры. Профессиональное обучение Айвазовского морской военной живописи началось в Академии художеств, когда он весной 1837 года был причислен к классу батальной живописи под руководством А.И. Зауервейда и прикомандирован на Балтийский флот для учебных занятий. Участие в военных и исследовательских экспедициях русского флота стало для Айвазовского важным источником наблюдений и творческих впечатлений. Среди морских экспедиций и путешествий художника – плавание по Финскому заливу в составе эскадры великого князя Константина Николаевича летом 1837 года, участие в десантных операциях русского флота у кавказских берегов Черного моря в 1839 году, экспедиция к берегам Турции и островам Греческого архипелага в 1845 году, неоднократное участие в маневрах Черноморского флота. Во время этих плаваний он имел честь общаться с выдающимися российскими флотоводцами – М.П. Лазаревым, Н.Н. Раевским, Ф.П. Литке, – и знакомился с молодыми офицерами, будущими героями Крымской войны – В.А. Корниловым, П.С. Нахимовым, В.И. Истоминым. В 1844 году Айвазовский по указу Николая I был назначен – первым в своем роде – живописцем Главного морского штаба с правом носить мундир Морского министерства. В 1840-е годы художник пишет знаковые полотна на темы великих побед русского флота: «Бриг "Меркурий" после победы над двумя турецкими судами», «Чесменский бой», «Наваринский бой», «Бой в Хиосском проливе». Российский флот неизменно ласково относился к живописцу. В 1846 году, в день празднования в Феодосии 10-летнего юбилея творчества художника в Феодосийский порт вошла эскадра кораблей Черноморского флота, устроившая праздничный салют в честь Айвазовского.
Долгие годы живя и работая в Феодосии, Айвазовский неоднократно наблюдал военные корабли Черноморского флота, стоявшие на рейде в Феодосийском порту. Одна из таких сцен изображена на картине «Черноморский флот до Крымской войны на Феодосийском рейде», написанной художником в 1890 году. Парусники расположились в Феодосийском заливе; на заднем плане угадывается узнаваемый силуэт Лысой горы (Паша-тепе). Айвазовский изобразил трехпалубные корабли класса «Двенадцать апостолов» и двухпалубные линейные корабли, составлявшие основную силу Черноморского флота во время Крымской войны.

«Вот уже пароходы и флот стоят пред глазами моими для принятия войск, послезавтра надеюсь увидеть то, чего я не видал и, может быть, никогда в жизни моей не увижу…» Этими словами оканчивается письмо Айвазовского, ученика Императорской Академии художеств, к президенту Академии А.Н. Оленину. В письме, составленном в апреле 1839 года, художник испрашивает продления своей крымской командировки и дозволения участвовать в экспедиции русской эскадры на Черном море. К участию в экспедиции Айвазовского побуждал лично ее начальник, генерал Н.Н. Раевский, который посетил мастерскую живописца в Феодосии. Участие Айвазовского в экспедиции 1839 года, одобренное Академией художеств, стало знаковым событием в жизни художника, которое принесло ему не только новые творческие впечатления, но и важные знакомства. Во время плавания по Черному морю он общался с прославленными флотоводцами – Н.Н. Раевским и М.П. Лазаревым, – и познакомился с выдающимися молодыми офицерами, будущими героями Крымской войны и обороны Севастополя – В.А. Корниловым, П.С. Нахимовым, В.Н. Истоминым.
Для зрителя, знакомого с историей побед русского военно-морского флота, герои-флотоводцы незримо присутствуют на многих полотнах Айвазовского. Так, например, в 1846 году художник написал картину «Наваринский бой», посвященную победе объединенной эскадры России, Англии и Франции над турецко-египетским флотом при Наварине в 1827 году. В морском сражении особо отличился российский корабль «Азов», который уничтожил фрегат командующего турецким флотом. Момент потопления «Азовом» турецкого фрегата изобразил художник на своем полотне. Командовал русским судном капитан I ранга М.П. Лазарев, а под его началом находились лейтенант П.С. Нахимов и мичман В.А. Корнилов.

В одном из своих писем к Павлу Третьякову Айвазовский пишет: «Мой адрес всегда в Феодосии». Связь с родным городом, Крымом и Черным морем нашла яркое отражение в творчестве художника. Ребенком он впитывал в себя красоту скалистых берегов Крыма, наслаждался шумом и плеском черноморских волн, наблюдал за многочисленными парусниками, приходившими в Феодосийский порт; здесь же начались его первые художественные опыты. Став студентом Императорской Академии художеств в Санкт-Петербурге и обладателем Большой золотой медали, Айвазовский вернулся в Крым уже как пенсионер Академии, чтобы два года «писать с натуры морские виды в России и особенно в южной ее части». Окончательное возвращение Айвазовского на родную землю произошло в 1846 году, когда художник начал строительство собственного дома и мастерской в Феодосии. К этому моменту за спиной у него было длительное путешествие по Европе и начало блестящей карьеры в Санкт-Петербурге в качестве живописца Главного морского штаба. В крымских пейзажах Айвазовского нашел отражение тот многолетний творческий опыт, который художник получал во время учебы в Академии, морских плаваниях и заграничных поездках. Айвазовский признавался: «Бурю, увиденную мной в Италии, я переношу на какую-либо местность Крыма или Кавказа; лучом луны, отражавшимся на Босфоре, я освещаю твердыни Севастополя». Результатом жизни Айвазовского в Феодосии стало не только огромное творческое наследие, но и многочисленные предприятия на благо жителей города. Художник финансировал строительство археологического музея и городского водопровода, способствовал строительству торгового порта и железной дороги. Картинная галерея Айвазовского, включавшая многочисленные произведения искусства, была завещана им родному городу.